呼伦贝尔市境内有额尔古纳河、海拉尔河等大小河流300多条,其中较大的河流有额尔古纳河和海拉尔河。
1.额尔古纳河:发源于大兴安岭伊勒呼里山北麓,自东向西流经额尔古纳市,注入根河,全长970公里,是中国第五大河,世界上流域面积最大的河流之一。2.海拉尔河:发源于大兴安岭伊勒呼里山北麓,由东南向西北横贯呼伦贝尔草原,在陈巴尔虎旗汇入额尔古纳河,全长437公里,是中国第九大河,世界上流量最大的内陆河之一。3.根河:发源于大兴安岭伊勒呼里山北麓,自西向东流经牙克石市、呼伦贝尔市,注入额尔古纳河,全长490公里,是中国第六大河,世界上流量最大的内陆河之一。